燃料甲醇和燃料乙醇同样具有技术成熟、应用便捷、加注设施简单、排放清洁等特点，是在替代能源方面都极具战略意义的两种醇基燃料。虽然应用性能相似，但在消费税方面享受的政策待遇却完全不同。由于油价下跌，消费税几次上调，甲醇汽油的经济优势受到挑战。业内人士呼吁国家尽快出台燃料甲醇的相关政策保障体系，参照燃料乙醇，为燃料甲醇推广营造良好的环境。
全球著名咨询机构科尔尼公司研究资料显示，与其他国家相比，中国燃料乙醇的生产成本相对较高。目前非粮燃料乙醇的成本每吨在5000元以上，缺少经济优势。相比乙醇汽油，甲醇汽油的生产成本要低很多，在国家没有投入资金另行补贴时，就已经能在市场生存。
业内人士表示，在燃料甲醇发展的几十年中，国家曾先后出台过对醇基燃料产业的指导性政策，但至今还缺乏醇醚燃料的产业定位政策，没有国家的统一标准和技术规范，政策管理与产业发展严重脱节，而这又是支撑燃料甲醇行业能否健康发展的重要因素。
相比之下，燃料乙醇的政策环境却十分有利。国家已出台了对乙醇汽油推广工作的指导性文件，并已有相关的国家技术标准、实施细则等正式规范文件。同时，为了大力推广乙醇汽油，国家对乙醇汽油的开发、生产、使用配套出台了许多支持和补贴政策。而且国内燃料乙醇生产企业是由国家定点的，有高额的补贴收入，许多企业很难进入这个生产领域，具有相对垄断性。
同属醇基替代新能源产品，由于消费税征收政策的不同，两种产品的税负差异很大。由于油价下跌、消费税几次上调，严重冲击了甲醇汽油的经济优势。
2014年10月18日上市公司中粮生化发布《关于非粮燃料乙醇税收政策的提示性公告》称，根据国务院批复精神，国家对中粮生物化学（安徽）股份有限公司销售以非粮作为原料生产的燃料乙醇，实行增值税先征后退和消费税免税政策。
根据现行规定，如果同按单价6.05元/升计算，1升甲醇汽油中甲醇部分的流转环节要缴税2.69元，1升乙醇汽油中乙醇部分的流转环节交税0.11元。
这样一来，甲醇汽油所具的经济优势严重削弱。甲醇汽油消费税的问题一直困扰着行业的发展，特别是最近两个月内连续三次上调燃油消费税，使甲醇汽油产业更是雪上加霜，税收政策已成为制约甲醇汽油产业发展的首要瓶颈。
对此，业内人士建议国家免征甲醇汽油消费税。其实，甲醇汽油产业不用国家投入资金另行补贴，只是将甲醇汽油中所含甲醇部分享受乙醇汽油中所含乙醇部分免消费税的同等待遇，就可以促使稚嫩的甲醇燃料产业健康发展。
与此同时，在产业发展初期，甲醇燃料产业迫切需要国家明确提出产业政策，加强行业引导，规范行业行为，制定标准规则，为产业营造良好的外部发展环境和政策保障体系。
